朱由校設立了一個水力運輸局，方以智和朱之瑜的蒸汽輪船則被劃歸到這個局里，局長暫時由孫元化兼任，也還在兵器局里辦公，但應該很快就會搬出兵器局，自立門戶。

        方以智拿到了大明皇家科學基金會的資金后，又進行了很多次的試驗，最后沮喪地回到老路上——用木船。不過也不全是老路，而是在船前面用鐵皮造了一個船頭，這樣可以減少阻力而且能夠起保護作用，造出了速度達到十六里的鐵頭木船。

        朱由校看了方以智的木頭船和朱之瑜的木船航行比賽后，問孫元化道：“兩位愛卿覺得這兩條船哪一個比較好?！?br>
        孫元化道：“陛下，如果說民用的話，朱之瑜的比較好，因為不用鐵皮可以大大降低成本。不過方以智的鐵頭船的想法倒是可以用在軍船上，如果我們在軍船四周都包上鐵皮，那么至少可以使船更加安全，一般的炮彈可以抗得住，而且不容易受到火攻的影響。”

        畢懋康道：“陛下，方船為三百五十料，朱船為三百料，兩船航行兩個時辰，所用煤相同，方船還多了四里，故臣以為方船的蒸汽機效率要強于朱船。但是臣坐過兩船，朱船的舒適性又要強于方船。故而臣有些不知如何取舍?！?br>
        朱由?？粗o張的方以智和朱之瑜，笑道：”為什么要取舍？水力運輸局既可以造貨船，也可以造客船。既然兩船各有特色，那就從這兩個方向著手，都做到極致。另外，蒸汽船的速度還要增加，沒道理火車都四十多里的速度了，船還只有十幾里呀。我看你們在船旁邊加漿的方法不好，兵器局不是說滾珠軸承沒有用處嗎？朕給你們找一個用處?！?br>
        他讓人拿來紙和鉛筆，簡單地畫了個圖道：”這個東西叫螺旋漿，放在船的后面，轉動的時候就可以讓船快速前進。你們去研究吧，滾珠軸承用在這里應該適合，不說四十里，速度到二十多里應該是沒有什么問題的?！?br>
        方以智和朱之瑜目不轉睛地看著皇帝畫的草圖，心里在快速地分析這種新物品的可行性。朱由校道：”看什么看，這個一定比你們的船漿要好，你們的船漿回來的時候力氣是浪費的了，這個可一點點也沒有浪費。仔細記住，下次朕要實物。你們兩個分別造吧，看誰造出來的效率高，速度快，就用誰的方案?！?br>
        孫元化和畢懋康仔細看了草圖，同時施禮道：”圣天子無所不能?！?br>
        朱由校揮了揮手道：”這個朕今天才想起來，不然早就拿給你們看了。水力運輸局的新地方建好后就讓他們搬出去吧，河道清理后碼頭的建造也要提上日程了，還有碼頭上的煤儲備，航路的作圖立標，都是很麻煩的事，不知道到時讓誰負責才好。新船研究出雛形后再告訴朕，朕來看看你們的研究成果?！?br>
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